Sertifitseerimisauditi 2. etapp viiakse läbi ettevõttes kohapeal. Auditi maht sõltub organisatsiooni suurusest ja tegevuste keerukusest. Enamikel juhtudel on auditi maht kindlaks määratud organisatsiooni poolt saadetud sertifitseerimisavaldusele ja lepingueelsetele läbirääkimistele tuginedes, harva tuleb seda sertifitseerimisauditi 1. etapi järgselt korrigeerida. Sertifitseerimisauditi 2. etapi eesmärgiks on hinnata, kas organisatsioon täidab enda poolt kavandatud juhtimissüsteemi nõudeid nii, et oleksid täidetud ka sertifitseerimise aluseks olevate standardite nõuded.
Organisatsiooni kõikide üksuste töös hinnatakse:
• töötajate teadlikkust juhtimissüsteemi nõuetest ning tõendite olemasolu nende nõuete täitmise kohta;
• juhtimissüsteemi tulemuslikkust - lähtutakse juhtimispoliitikast, täidetakse eesmärke, seadusjärgseid ja muid tunnustatud nõudeid ;
• põhi- ja tugiprotsesside haldamist nii, et protsesside eesmärgid saavad täidetud.
Sertifitseerimisauditi 2. etapi käigus soovib auditi meeskond saada vastuse kahele põhiküsimusele:
• Kas juhtimissüsteem on täielik ja katab kõiki sertifitseerimise aluseks olevate standardite nõudeid määratud käsitlusala piires?
• Kas juhtimissüsteem töötab – kas on olemas tõendid, mis näitavad igapäevast toimimist vastavalt juhtimissüsteemi reeglitele?
Kui sertifitseerimisauditi 2. etapi käigus leitakse kõrvalekaldeid, kas standardite nõuete või juhtimissüsteemi reeglite täitmisest, siis on organisatsioonil selliste mittevastavuste kõrvaldamiseks aega kuni 90 päeva. Auditi kohta esitab auditi meeskond sarnaselt 1. etapiga kirjaliku aruande koos mittevastavuste kirjeldusega.